I rapporti con Pisa, dopo la pace del 1175, non si mantengono pacifici a lungo. Già nel 1187 la guerra si riaccende dopo la predazione di alcune imbarcazioni mercantili genovesi.

La reazione genovese investe il castello pisano di Bonifacio. Papa Clemente III mediante due inviati riesce a concordare la pace e 1000 genovesi con 1000 pisani si incontrano per giurarla. Probabilmente a spingere i contendenti a deporre le armi è la comune minaccia saracena.

Viene indetta una nuova Crociata alla quale partecipa Federico Barbarossa che, attraversata l'Europa, trova la morte guadando un fiume. Filippo di Francia e Riccardo d'Inghilterra partecipano anch'essi alla Crociata ma attraversano il Mediterraneo sulle galee fornite dai genovesi. Genova partecipa attivamente con uomini e galee all'assedio di San Giovanni d'Acri. Purtroppo la Crociata si risolve in una sconfitta.

Nonostante i conflitti coinvolgano i luoghi di primario interesse economico genovese, Genova riesce ad ottenere nel 1177 alcuni privilegi dal "Saladino", nel 1186 dall'Imperatore d'oriente e una tregua ventennale con Maiorca.

Anche in Liguria non regna la calma. L'allargamento alle riviere dell'area d'influenza genovese ha portato in città alcune influenti famiglie rivierasche. I già precari rapporti cittadini vengono alterati creando nuove discordie. A Genova come nel resto della penisola nascono due fazioni contrapposte successivamente nominate: guelfi (pontifici) e ghibellini (imperiali). Scoppiano dei disordini in città, il Console Melchione della Volta viene ucciso. Per riportare la calma in seno alla Repubblica, l'Aricivescovo Ugone convoca le Compagne e infrangendo le regole (elezioni) nomina i consoli e convocati i cittadini in Duomo li fa giurare una tregua. Contemporaneamente decreta l'occupazione delle case di Amicone di Castello e Ingo della Volta fomentatori dei disordini. La tregua dura poco e la Repubblica precipita verso uno stato anarchia e di disordini continui. La grave situazione in cui versa lo stato necessita una risposta energica delle Autorità, a tale scopo i Consoli incaricano Anselmo Garrio e Ottone di Caffaro di riportare l'ordine nel levante ed analogo compito per il ponente e Polcevera viene assegnato a Nicola Rosa e Ruggiero di Malabotto.

La pace si mantiene per circa otto anni fino al 1178 quando scoppiano nuovi tumulti, nel 1183 è la Val Bisagno all'origine dei disordini. La situazione degenera ed il 16 febbraio 1187 viene ucciso il Console Angelerio de Mari, il 2 maggio 1189 nuovi disordini interessano il centro cittadino e la nuova Crociata del 1190 spinge i ghibellini rimasti a Genova ad aprofittare della partenza dei guelfi verso la Terra Santa compiendo un colpo si stato. Viene eletto un Podestà straniero nella persona di Manegoldo del Tetticcio da Brescia con poteri "politici". Il potere giudiziario viene invece assegnato ai neoeletti Consoli dei Placiti. Il nuovo Podestà riesce a soffocare i disordini.

Nel 1191 i progetti dell'Imperatore Enrico VI sulla Sicilia e su Napoli, prevedono un ruolo anche per Genova. Riesce ad ottenre l'aiuto genovese con l'accordo di nuovi privilegi, la concessione di edificare un nuovo castello a Monaco, il permesso di comprare Gavi ed il governo su Siracusa e la Valle di Noto. La Repubblica mette a disposizione 30 galee che il 15 agosto partono per Castellamare per proseguire poi per: Ischia, Ponza e Palmarola. Non riuscendo a dare battaglia alla flotta pisana (72 galee), la flotta si dirige su Civitavecchia e per ordine imperiale torna a Genova. Giunto personalmente a Genova, Enrico VI conferma le promesse fatte.

La fine della Crociata (1192) comporta il ritorno degli esponenti guelfi a Genova con il conseguente ritorno "forzato" alle isitutuzioni consolari comunali e dei placiti.

Lo stato di agitazione non si placa. Viene eletto Podestà Oberto di Olevano (Pavia). Nel 1194 il Siniscalco Marcoaldo, su mandato dell'Imperatore, incita i genovesi ad intervenire con proprie forze in Sicilia. Il Podestà accoglie la richiesta ed organizza un contingente di terra ed una flotta. La spedizione inizia positivamente, Gaeta e Napoli oppongono una minima resistenza. Le forze genovesi incontrano una maggiore opposizione a Salerno e Messina. Nello stretto di messina si scontrano le flotte genovesi e pisane (alleati della Sicilia). Il Siniscalco impone la pace che però non viene osservata dalle forze pisane. Il Podestà muore, di morte naturale, a Messina ma per evitare le temute imboscate pisane, i funerali non vengono celebrati. La guerra continua e le truppe di Genova liberano Catania dai Saraceni e scacciano i pisani da Siracusa. Anche Palermo viene occupata.

Ai numerosi successi genovesi al fianco dell'Impero, segue il tradimento dell'Imperatore stesso che, prima non mantiene le promesse e successivamente incita Pisa a combattere contro Genova.

Nel 1195 viene eletto il nuovo Podestà Giacomo Mainero (Milano). Scoppia un nuovo incidente con Pisa, "corsari" con base a Bonifacio (nuovo castello pisano) depredano i mercantili genovesi. Le autorità pisane negano ogni responsabilità non riconoscendo Bonofacio come proprio territorio. In risposta, vengono armate 12 navi che occupano Bonifacio, liberano i mercantili trattenuti e fanno ritorno a Genova. Scoppia l'ennesima guerra con Pisa, il tentativo si sottrarre Bonifacio ai nuovi occupanti genovesi risulta vano. Molte navi pisane vengono catturate e portate a Genova. Una mediazione pontificia risulta vana. Truppe pisane tentano nuovamente l'occupazione di Bonifacio. Il Podestà Drudo Marcellino a capo della flotta, cerca inutilmente, fino a Cagliari, di dare battaglia ai pisani. Riesce però a cacciare il Marchese Guglielmo di Massa da S. Igia che viene distrutta. Nuovi rinforzi da Pisa assediano Bonifacio ma, Anselmo Guarco con 17 gallee e molte altre navi da Genova, rompono l'assedio e cacciano i pisani in alto mare dove si scontrano con la flotta genovese che riesce ad ottenere un'importante vittoria. Il conflito prosegue e si trasforma in "guerra corsara". Gli impegni bellici contro Pisa distolgono l'attenzione dagli analoghi problemi interni. Ventimiglia e Tortona insorgono, nei territori di Gavi e Parodi dilagno i predoni mentre Beccaria e Vezzana addirittura cercano un'intesa con Pisa per occupare Portovenere. Una rapida repressione condotta per mezzo di una numerosa flotta porta alla sottomissione di Ventimiglia. Seguono le repressioni delle rivolte di Noli, Savona e Gavi con l'imposizione dei pesi e delle misure genovesi. Vengoono imposti anche l'invio di alcuni contingenti armati a Bonifacio. La situazione non si stabilizza e si rende necessario una nuova repressione.